主人公·焰莲回到曾经住过的街道·神之原，感受到了违和感。他确实应该在这条街道住过，却对那时的事情没有记忆。此时，莲的智能手机突然被安装了从没见过的游戏，其名为《怪物弹珠》。他带着从手机中飞向现实世界的怪物，在街道中展开了战斗！经过战斗，莲注意到了在自己体内沉睡的谜之记忆的正体，以及，怪物弹珠究竟是何物。与握有钥匙的水泽葵、影月明、若叶皆实一起，如今的莲正迈出通往谜团的一步，对于前方沉睡着无法想象的真相一事，仍然一无所知。

在上一年的全国大赛中取胜的主人公·小野田坂道所属的总北高中。组建队伍的前辈们纷纷毕业、引退，作为新世代的队伍开始进发的他们，在互相刺激、支持、提升的过程中，顺利打入以连霸为目标的全国大赛。之后，决战之