杰西（杰森·詹姆斯·里希特 饰）是一个由他人代养的孩子，他离家出走逃到海洋公园，跟那里的一只想念妈妈的小鲸鱼威利交上了朋友。当黑心的公园主人为了骗取保险金，打算杀死鲸鱼威利时，杰西奋不顾身救朋友一命。就在这个时候，为了让鲸鱼威利得到自由，重归大海，孩子和所有善良的大人做了一件事——盗走鲸鱼威利，将它放生。他们连夜行动，冲过阻拦的人群来到大海，鲸鱼威利一跃而起，被放回大海，与母亲重逢。此时，孩子和成年人的想法也发生了变化。

杰西已经16岁了，他趁著暑假期间，与老朋友鲁道夫搭上了调查船，前往西北太平洋海岸附近，调查当地鲸鱼数量离奇骤减的原因。另一方面，一名10岁大的小男孩麦克斯，也在此时首次与爸爸出海捕鱼，他没想到，爸爸捕的不是普通的鱼类，竟然是非法捕猎鲸鱼，以一磅200美金的高价，在国际黑市中贩卖，谋取暴利。麦克斯看到父亲血腥的捕鲸行为后，内心因此挣扎不已，此时，他遇到了杰西，在杰西谆谆劝导下，麦克斯逐渐了解到保护鲸鱼的重要性，于是他终于下定决心与杰西联手，展开一次极端危险的任务，阻止父亲的非法猎杀，并拯救威利与它的杀人鲸同