在未知生命体全部被消灭后的两年，人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹，打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量，就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。失去记忆的开朗少年津上翔一，暂住在美杉教授家中，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时，他便会受到感应前去消灭它们。愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆

故事发生在在日本最南端的鸠海岛上，这里的居民只有49人，唯一的公共设施是一所小学，由于没有生源，再过几天鸠海小学即将废止，平均年龄63.5岁的鸠海岛将来也很可能成为无人岛。为了不让自己的家乡变为荒岛，

　　普通的女高中生阿优卡每次死后都会转生到异世界，而那个总是追着她的神秘男子基萨利斯。

　　主人公は前作に引き続き、見た目は冴えないが、実はヤバいくらいに強く、そして熱いハートの「おっさんヒーロー」九條和真(高岩成二)。その活躍の新たな舞台は…小さな一台の「キッチンカー」！芸能マネージャ